Guðni fæddist og ólst upp á sveitabæ á SV Íslandi 22. október 1958. Eftir að hann fluttist til Reykjavíkur 1978 lauk hann BSc frá Háskóla Íslands 1983 og Cand. Vísindamaður í ferskvatnslíffræði frá Háskólanum í Ósló árið 1985. Hann hóf störf hjá Fiskveiðistofnuninni í Reykjavík sem aðstoðarmaður árið 1979 og á hverju sumri til 1985. Frá 1985-2002 starfaði hann sem fiskifræðingur og verkefnisstjóri hjá IFF og deildarstjóri frá 2002-2016. Frá 2016 hefur hann verið formaður ferskvatnssviðs Haf- og ferskvatnsrannsókna í Reykjavík. Hann hefur verið meðlimur í ICES vinnuhópi um Atlantshafslax síðan 1996. Í vísindaráðgjafanefndinni í NASCO 2003-2009. Meðlimur íslensku sendinefndarinnar í NASCO 2008 og yfirmaður íslensku sendinefndarinnar í NASCO 2009. Hann var stýrihópsmeðlimur CAFF, Circumpolar Biodiversity Diversity Program 2013-2017.

He has given lectures at the University of Iceland and the Agricultural Collage. He has been supervisor/co-supervisor to 4 masters students. His work has been on all three freshwater salmonid species in Iceland, and he has published 28 papers on Atlantic salmon and Arctic charr as well as over 250 technical and advisory reports.